Literalmente, ultima entrada del blog… gracias BioMINDS April 30, 2009

La experiencia de “Poster Day” fue una muy buena. Me correspondio evaluar a Rey Yamil Pagan, Jose Javier Diaz Torres y CHarles Fremaintt. Los tres tres casos se demostro que:

1. el afiche conto con los componentes de abstracto, introduccion, metodologia y resultados.
2. El abstracto proveyo un resumen adecuado del trabajo.
3. La introduccion indico el conocimiento existente del tema y plantae el problema a investigar.
4. La metodologia establecio el procedimiento para evaluar la hipotesis.
5. Los resultados del proyescto se presentaron de forma clara.
6. La discusion de resultados confirmaron la hipotesis y en general el afiche estuvo en letra legible en tamano y formato.

• Voy a comenzar describiendo el trabajo de Rey Yamil Pagan. El titulo de su proyecto es “Human Osteoblast Adhesion to Thermally Oxidezed Surfaces of 2 Types of Titanium Alloys”.   Rey demostro conocimiento del tema en todo tiempo y contesto con claridad haciendo referencia a los datos en su afiche. Su trabajo se trata de Biomateriales que son metales que se utilizan para implantes (como tornillos que se utilizan para unir huesos cuando estos se rompen).  Rey me explico, muy bien preparado, que la aleacion de Titanio, que en el momento se utiliza en estos implantes, a los 15 años del implante se liberan iones de Aluminio y Vanadio. Estos iones activan los osteoclastos (desgatan hueso) y los macrofagos, causando daño en el hueso. Su meta era encontrar un metal donde no sucediera esto.  Esto se logro al utilizar el metal alpha Titanio.

• El segundo que evalue fue Jose Javier Diaz Torres. El titulo de su proyecto es “A proteomic analysis of pelletization in liquid cultures of Phanerochaete chrysosporium“.  Jose demostro conocimiento del tema en todo tiempo y contesto con claridad haciendo referencia a los datos en su afiche.   Jose utilizo tecnicas Microbiologicas y  Bioquimicas con el hongo filamentoso  Phanerochaete chrysosporium. La biomasa consta de 44% de celulosa, 26% de hemocelulosa y 30% de lignina.  La hemicelulosa es compleja y es dificil de degradar. La lignina que es en forma de matriz el hongo logra degradar los componentes de la misma.  La aplicacion que Jose quiere desarollar es en el cafe ya que se puede utilizar este hongo para degradar desperdicios del cafe y utilizarlo como composta o ver como degrada la cafeina de forma rapida y eficiente.

• El ultimo al que visite y evalue fue Charles Fremaintt y el titulo de su investigacion es “Transcriptional Represion by Tup-1 Ssn6″.  Charles demostro conocimiento del tema en todo tiempo y contesto con claridad haciendo referencia a los datos en su afiche. El procedimiento que Charles utilizo fue uno bien aseptico para evitar invasores que fueran a dañar la tecnica ChIP. En el proceidimiendo experimental este cultivo levaura con formaldehido. Su meta era determinar la represion de Tup-1 Ssn6. Despues de terner el cultivo + plasmido con represor con marca para luego poderla cuantificar se utilizar el proceso CHIP el cual consta de precipitar la proteina, romperla con calor y luego amplificar utilizando PCR.  En conclusion mientras mas represor dentro del promotor de la celula el Tup-1 Ssn6 (co-represor) aumenta y si se disminuye represor, aumenta la actividad genetica para mRNA (la histona acetilada se separa). La importancia de este proyecto es que los humanos tienen un corepresor paracido al Tup-1 Ssn6 y entendiendo este se puede entender el corepresor de los humanos para desarrollo de tecnicas para combatir celulas cancerosas.

Les deseo exito a cada uno de ustedes y a cada miembro de BioMINDS en su investigacion. Hay algunos que se graduan, otros continuan en su investigacion y otros pasan el batón a otro estudiante para que continue lo que con tanto esmero se logró hasta este momento. Fue un privilegio y un placer haber trabajado para BioMINDS y les quiero agradecer a ustedes y a la fundacion AMGEN por estos 3 semestres de ayuda, seguimiento, motivacion y esmero. Tambien quiero agradecerles a mis compañeros de laboratorio, mi mentor de maestria Roberto Román, gracias por tu paciencia, dedicacion y empeño en lo que haces… Exito en tu carrera!!; a Alitza Santiago mi compañera subgraduada y a la doctora Sandra Maldonado por su mentoria, amor, direccion, dedicacion e ideas…eres tremendo ser humano.  Bendiciones a todos!!

*** SI HAY ALGUNA INFORMACION CONFIDENCIAL ACERCA DE SU INVESTIGACION Y REY, JOSE o CHARLES NECESITAN QUE LA ELIMINE DE ESTE FORO POR FAVOR NO DUDEN EN COMUNICARSE CONMIGO.

March 2, 2009

 progreso 
   3 – progreso intermedio.

1. He logrado al menos 50% de los objetivos propuestos ya que se han logrado procesar muestras de otras dos localidades y se han logrado recuperar mas levaduras. Tambien se han identificado varias levaduras. 
2. Se identifico Hortaea werneckii de la entrada de la planta de tratamiento de agua de Adjuntas. Esta levadura es negra y esta cubierta con una capa fina de micelio.
3. Tambien se encontraron 6 aislados con capsulas despues de haberles hecho pruebas con tinta china, estas pertencen a la entrada y salida de plantas de tratamiento de agua en Adjuntas y Mayaguez.  Estos aislados podrian ser Cryptococcus neoformans, una levadura patogenica que se conoce que causa meningitis
4. Una difucultad que se enfrente es que el protocolo que se estaba haciendo para extraer el DNA de las levaduras y asi poder identificarlas no estaba dando resultado, pero hace dos dias el Dr. Carlos Rodriguez profesor de Microbiologia del RUM nos ofrecio un taller con un protocolo distinto y pudimos extraer DNA!!!

 **** La actualizacion del Abstract esta descrito en los “bullets”

Metas para el 3er semestre de investigacion January 29, 2009

• Ya hay levaduras aisladas de 3 lugares (Planta de tratamiento de agua de Mayaguez y Arecibo y Bosque Susua en Sabana Grande)
• Aun falta por procesar mas muestras, de locali dades como : Cabo Rojo, Parguera, Aguada y  Barceloneta- entre otros. Asi que este semestre estaremos haciendo eso.
• Ademas se estara haciendo extracción de DNA y algunas otras pruebas de identificacion de levaduras tales como: prueba con ‘india ink’ para identificar Cryptococcus neoformans y Pruebas en ‘Corn Meal Agar’ para identificar clamidosporas de Candida albicans.
• Se haran las pruebas con el antifúngico Fluconazol para determinar el MIC (minimal inhibition concentration) de cada levadura con respecto al antifúngico.

Resultados dic 08 December 1, 2008

• 
• Cuando se aislaron levaduras de plantas de tratamiento de agua, en Adjuntas y Mayaguez se pudo observar que en ambas plantas de tratamiento la mayoría de las levaduras provinieron de agua de la entrada de la planta. En Mayaguez 8 de 14  levaduras encontradas en esa localidad fueron de la entrada y en el caso de Adjuntas 13 de 14 fueron de la entrada de la planta.  Esto es de esperarse y se debe a que el agua proveniente de la salida de la planta esta mas limpia que la de la entrada. El agua de la salida ya ha pasado por procesos de clorinación y purificación mientras que el agua de la entrada de la planta aún no ha pasado por estos procesos. Ademas de que tambien se observo que la mayoría de las levaduras de la entrada se encontraron a una dilución de 10^-3, lo que indica que a esa dilución las levaduras lograr tener un mejor crecimiento.

• Este semestre nos enfocamos en aislar las levaduras de los distintos controles, aun falta por procesar mas muestras, pero lo que quede de este semestre y el que viene esteremos haciendo extracción de DNA para identificar las levaduras. Ademas haremos las pruebas con el antifúngico, Fluconazol para determinar el MIC (minimal inhibition concentration) de cada levadura con respecto al antifúngico.

Progreso segun las metas November 1, 2008

3 – progreso intermedio, he logrado al menos 50% de los objetivos propuestos.

Yo no diria que he logrado un 50% de progreso, he logrado menos que eso. He podido aislar levaduras de distintas muestras de agua, pero no he podido identificarlas ya que el trabajo se ha hecho un poco lento debido a que constantemente estan llegando muestras, ademas de que encontramos que se nos estaban contaminando las muestras con bacterias y nos atrasamos un poco determinando lo que estaba pasando y haciendo pruebas para verificar que tipo de bacterias eran.

Todavia no tengo resultados dela resistencia de estas levaduras a antibioticos. Ya llego el manual de procedimientos que necesitaba , llego el medio que se necesita utilizar y estamos en procesos de recibir el Buffer que se necesita para entonces comenzar a hacerle las pruebas de resistencia a las levaduras.

Progreso… September 26, 2008

Las tecincas que mas utilizo en el laboratio son: dilucion en serie y filtrado. Un procedimiento nuevo que estaremos llevando a cabo sera el metodo estandar de dilucion para pruebas de suceptibilidad de las levaduras a agentes antigungicos. Este procedimiento esta diseñado para probarse con levaduras resitentes a antifungicos que causan infecciones al ser humano. Estoy muy contenta de ya tener este procedimiento en mis manos. Aun estamos aislando levaduras, pero pronto podre hacer estas pruebas.

Una de las difucultades que tan reciente como ayer nos dimos cuenta que esta ocurriendo es que al aislar las “levaduras” nos dimos cuenta que hay bacterias (bacilos y cocos) que a simple vista se parecen a las levaduras y estan creciendo en nuestros platos por esto puedo decir que he logrado un progreso intermedio (3) ya que tambien las muestras se demoraron en llegar y aunque llevamos el trabajo bastante avanzado estuvimos como dos semanas en espera de las ansiadas muestras. Ahora nos queda averiguar que factores ayudaran a que crezcan levaduras y no bacterias ( temperatura, cantidad de cloranfenicol en el medio, etc).

Le quiero agradecer al estudiante graduado Roberto Román ya que estamos trabajando juntos en esta travesia y a la Dra. Sandra maldonado por su mentoría, apoyo e ideas.

Ya se fue el verano!! August 27, 2008

Aqui en Haiti ayudando al Dr. Jean Riviere

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Este verano fue interesante!! En realidad no hice una investigacion como tal pero estuve en Haiti en una Mision donde un grupo de cirujanos va a dar de su servicio a la gente necesitada. Creanme! fue como hacer una investigacion!! Fue una experiencia increible ya que quiero seuir mis estudios graduados en medicina y estuve en todo tiempo en la sala de operaciones ayudando en lo que se podia. Aprendi muchisimo!!! Las cirugias mas comunes fueron hernias, quistes y circunciciones.

Para este proximo semestre espero …

• poder identificar con presicion (nombre y apellido jaja) mis hermosas levaduras de ecosistemas marinos que son resistentes a antibiticos
• poder hacer un trabajo mas rapido y eficiente ya que el semestre pasado tuve una buena practica… asi que este semestre ya puedo hacer procedimientos con mucha mas agilidad.

Este semestre va a ser mas intenso e interesante. Todo se hara mas consciente y cuidadosamente. Los resultados que obtengamos seran definitivos y cruciales en nuestra investigacion. Estamos tomando las mejores medidas para que todo quede bien. Discutimos el procedimiento experimental y de donde obtendremos las muestras. Definitivamente este semestre iremos mas rapido que el semestre pasado.

Como nuevo metodo de identificacion de levaduras utilizaremos el medoto de API. El sistema está estandarizado, y combina 8 pruebas convencionales y 12 de asimilación. El kit consta de una galeria con 20 microtubos conteniéndo medios y/o sustratos en forma deshidratada. Los test convencionales, se inoculan con una suspensión de la cepa a analizar en solución salina. Tras un periodo de incubación de 24-48 horas a 30 ºC se pueden observar virajes de color en el medio, bien directamente o tras adición de reactivos. Los test de asimilación se inoculan con un medio mínimo, observándose crecimiento bacteriano si la cepa a analizar es susceptible de utilizar el sustrato correspondiente. La lectura del API se realiza sumando las pruebas positivas por tríos. Se obtiene un número clave para la bacteria en cuestión, que puede ser buscado en una tabla de códigos.  (http://www.galeon.com/lactobacilo/micro.htm)

Fin del 1er semestre :D April 25, 2008

• Wao!! Este semestre ha sido intenso tanto en trabajo para hacer como en aprendizaje. En el laboratorio he tenido la oportunidad de trabajar con una estudiante graduada (Grorinell Martorell) que me ha enseñado desde tener amor y paciencia en lo que hago hasta preparacion de medios, cómo llevar a cabo pruebas bioquímicas, técnicas para airlar levaduras, prepración de pruebas con antifungicos, entre muchas otras cosas. Tambien he tenido la oportunidad de tener como profesora a la Dra. Sandra Maldonado quien siempre esta dandome “updates” de lo que debo y no debo hacer para que mi investigación siga con éxito. Lo mas importante e intesesante que he aprendido de esta experiencia es que no sólo uno crece como estudiante sino que tambien se crece en lo personal. En realidad lo que he aprendido es para toda la vida.
• Considero que el mayor reto fue adaptarme a todos los procedimientos en el laboratorio, pero fue algo a lo que me acostumbre rapidamente. Me di cuenta que cuando uno reconoce el privilegio que es estar haciendo una investigación de gran importancia medica y le gusta lo que esta haciendo, se acopla rapido a cualquier situación nueva.
• Mis expectativas para el próximo semestre son altas. Quiero seguir haciendo pruebas para identificar mis hermosas levaduras que fueron resitentes al altifungico “Floconazole”. Actualmente ya comence a hacerlas, pero aun no he tenido muchos resultados. Asi que me enfocare en conocerlas muy bien!!

Métodos March 26, 2008

En el laboratorio, para pasar mis muestras a los platos petri que contienen los distintos  medios los cuales favorecen el crecimiento de las levaduras, utilizo el método de dilusion en serie. “La dilusion en serie es una sucesión de diluciones en las que van siendo subsecuentemente menos concentradas que su anterior” permitiendo así que éste sea un método muy interesante y favorable ya que me permite aislar colonias puras.  Otro método que utilzamos es el filtrado. El mismo permite que utilicemos el sucio que se queda en el filtro para propiciar mayor y mejor produccion de levaduras en el plato.

 Tuve la oportunidad de entrar a tres blogs, poder leer las investigaciones y comentar. Fue interesante ya que algo que encontré en común fue el entusiasmo, la organizacion y el deseo de aprender.  Otra cosita que vi fue que los estamos haciendo investigaciones parecidas, pero cada uno se enfoca en cosas distintas. Fue muy bueno,  interesante y enrriquecedor aprender de otras investigaciones. les deseo exito en todo lo que hagan.  

Trabajo en equipo March 20, 2008

• Como bien lo dice el titulo, el trabajo de laboratorio es un trabajo en equipo. Mi experiencia en el laboratorio es una mezcla de trabajo en equipo y trabajo individual, pero siempre hay gente a mi alrededor. Mis seis horas semanales en el laboratorio las suelo pasar con Harriel ( mi lab partner subgraduado) y Glorinelle ( mi mentora de maestria). Hay muchas cosas que hacemos en equipo, como es la preparacion de medios. Esta experiencia siempre es mano a mano ya que mientras uno se encarga de pesar y mezclar lo que es solido, otro se encarga de rotular y tener las medidas de los liquidos mientras que el otro homogeniza los medios. Todo esto lo hacemos simultáneamente y ahorramos tiempo… asi que mejor son seis manos que dos, porque así todos ayudamos.
• En el trabajo en equipo siempre hay altas y bajas porque estás trabajando con personas bien distintas a ti y que acabas de conocer, pero la clave está en tratar de entenderse y de tener una buena comunicación. Siempre son más los momentos chéveres, así que eso es lo que cuenta.
• Este tiempo ha sido uno de mucho aprendizaje y adaptación. Agradezco inmensamente esta oportunidad ya que dia a dia me enfrento a experiencias que voy a estar enfrentandome en mi campo de trabajo, una vez me gradúe, y que bueno que el estar en BioMINDS me haya ayudado a crecer como compañera y parte de un equipo.